Le fonctionnement associatif s’appuie sur le Bureau et sur le Conseil d’Administration qui définissent la politique et la stratégie de l’association Messidor.

Ce fonctionnement est enrichi par des comités associatifs départementaux qui permettent de rester proches des besoins des territoires. Ces comités rassemblent des personnes représentatives au sein d’un bassin de vie et d’emploi (familles, soignants, représentants d’autres structures dans le champ de la santé mentale, et acteurs économiques).